어둠의 세계에서, 어떤 소문이 난무하고 있었다. 「어떤 수술이라도 반드시 성공시키는 천재 외과의사 'Dr.초콜릿'이라는 인물이 있다.」 메스를 잡는 조건은 현금 1억엔, 비밀유지계약, 그리고... 초콜릿. 실은 그 정체는, 10세 소녀였다! 수수께끼의 의수의 전 의사=Teacher와 천재적 외과의사의 팔을 가진 10세 소녀=Dr.초콜릿, 유일무이한 유대감으로 맺어진 두 사람이, 전원 어렵고 캐릭터 강한 6명의 의사 동료 "초콜릿 컴퍼니"와 함께, 때로는 총격전 속, 때로는 비행기 안에서, 때로는 인기 아이돌의 라이브 공연 중... 어떤 상황에서도 이유가 있는 환자의 생명은 구한다! 그 배경에는, 소녀의 부모님을 빼앗은 수수께끼의 음모를 해결하려는 목적이...